生態毒理蛋白質組學是從整體的蛋白質水平上，探討生物在污染物下，細胞蛋白質譜的變化，并闡明污染物的毒性作用及其機制。“蛋白質組”的提取是蛋白質組學技術的關鍵環節，中國科學院煙臺海岸帶研究所吳惠豐研究員帶領的海洋生態毒理與環境基準研究組首次對三種常見的蛋白質提取方法進行了優化、對比，并針對不同生物、不同組織的蛋白質篩選出最佳的提取方法。

    蛋白質是生命活動的直接表現形式，通過對比污染物暴露組生物和對照組生物的蛋白質的變化情況，就可以解釋污染物的毒性機理并篩選出相關的生物標記物，這要求應用于生態毒理蛋白質組學技術須具備高的提取效率和重現性。基于此，本研究組首先選擇三種最常見的蛋白質提取方法：直接裂解液、三氯乙酸-丙酮法和TRIzol法，并對其進行優化，以紫貽貝、牙鲆和沙蠶等三種代表性的海洋生物為研究對象，利用優化后的方法分別提取其蛋白，最后對雙向電泳獲得的膠圖進行多元統計分析，比較三種方法的提取效率和重現性。結果表明，TRIzol法更適合提取紫貽貝鰓和牙鲆肝臟的蛋白，且TRIzol法可以同時提取蛋白質和核酸，保證兩類分子的同源性；而三氯乙酸-丙酮法適合沙蠶整體蛋白的提取。相關研究成果發表在國際蛋白質組學領域的著名期刊《Proteomics》（Wu et al., 2013, 13: 3205-3210；IF：4.13）。